Przechowywanie dokumentów wymaga odpowiedniego zabezpieczenia, aby chronić je przed kradzieżą, zniszczeniem, czy dostępem nieupoważnionych osób.
Szafy metalowe wyposażone w zamki, są powszechnie stosowane do przechowywania dokumentów w biurach i firmach. Chronią przed nieautoryzowanym dostępem. Najczęściej stosowane szafy mają zamki mechaniczne lub elektroniczne, czasem także zamki kodowe. W przypadku dokumentów szczególnie ważnych warto wybrać modele z dodatkowymi zabezpieczeniami antywłamaniowymi.
Szafy ognioodporne przeznaczone są do przechowywania dokumentów, które wymagają ochrony przed pożarem. Mają specjalne konstrukcje i izolację termiczną, które pozwalają zabezpieczyć zawartość przed wysokimi temperaturami. Są stosowane zarówno w biurach, jak i w domach, zwłaszcza w przypadku przechowywania dokumentów finansowych, ubezpieczeniowych, czy aktów notarialnych.
Sejfy biurowe są bardziej zabezpieczone niż standardowe szafy na dokumenty. Chronią przed włamaniami oraz, w przypadku sejfów ognioodpornych, także przed ogniem. Sejfy mogą być wyposażone w zamki elektroniczne, mechaniczne lub biometryczne. Wybór zamka zależy od poziomu bezpieczeństwa wymaganego przez użytkownika.
W przypadku dokumentów, które można zdigitalizować, warto rozważyć przechowywanie ich w elektronicznych systemach przechowywania dokumentów. Dane cyfrowe przechowywane na zabezpieczonych serwerach lub chmurach są mniej podatne na fizyczne zagrożenia. Elektroniczne systemy są chronione przez szyfrowanie danych, systemy kontroli dostępu oraz regularne kopie zapasowe. Tego typu rozwiązania są szczególnie przydatne w dużych firmach i instytucjach, gdzie istnieje potrzeba przechowywania dużej ilości dokumentów.
W biurach stosuje się także zamykane regały lub szafki z zamkami na klucz lub kody. Jest to popularne rozwiązanie do przechowywania dokumentów wymagających niskiego lub średniego poziomu ochrony. W większych biurach można zastosować systemy kontroli dostępu, dzięki którym do dokumentów mają dostęp tylko upoważnieni pracownicy. Tego typu szafki można umieścić w oddzielnych, zabezpieczonych pomieszczeniach.
W przypadku krótkoterminowego przechowywania dokumentów lub ich transportu stosuje się koperty lub pojemniki bezpieczne. Są to specjalne opakowania zabezpieczone przed dostępem nieupoważnionych osób, stosowane np. w transporcie dokumentów prawnych czy finansowych. Koperty i pojemniki bezpieczne są wykorzystywane głównie w instytucjach finansowych i prawnych, gdzie dokumenty muszą być regularnie przenoszone między lokalizacjami.